Tổ yến được hình thành trong môi trường ẩm ướt, không tiếp xúc trực tiếp với ánh nắng mặt trời. Sau khi thu hoạch yến cần được làm sơ chế và bảo quản cấp đông để diệt các mầm vi trùng và nấm có thể sinh sôi.
Tổ yến sau khi được ngâm nở và nhặt sạch bắt buộc phải được cấp đông để tránh hư hỏng. Do đã tiếp xúc với dung môi là nước, các vi khuẩn trong không khí có thể thâm nhập và sinh sôi do yến chứa nhiều protein và các thành phần dinh dưỡng cao.
Đặc biệt trong suốt quá trình từ khi thu hoạch đến khi đưa vào nấu, tổ yến cần tránh tiếp xúc trực tiếp với ánh sáng mặt trời do các tia cực tím có thể làm phân rã các axit amin có trong tổ yến. 16 loại axit amin này là nguyên tố quyết định đến khả năng hỗ trợ làm đẹp da, tái tạo tế bào và hồng cầu mà yến đem lại cho cơ thể con người
